La ville a besoin de héros. New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens. Alors que l'avenir semble sans espoir, quatre frères en marge de la société sortent des entrailles de la ville pour accomplir leur destin de Tortues Ninja. Les Tortues devront s'associer à la courageuse reporter April O'Neil et son casse-cou de cameraman Vern Fenwick pour sauver la ville et empêcher Shredder de mettre son plan diabolique à exécution.