XXIVe siècle. Alors que l'Enterprise patrouille au fond de la galaxie, le capitaine Picard et ses hommes reçoivent un message de détresse : les terribles Borg, mi-hommes mi-machines, sont en train d'attaquer la Terre afin de changer l'histoire de l'Univers. Pour les contrer, une seule solution : les suivre et remonter le temps avec eux, trois siècles en arrière, à l'heure du premier avec les Vulcains...